肠道的功能状态不仅人与人之间不同，就是同一个人在不同时间也有很大差异。进食、紧张、药物和疾病，甚至社会文化形态都对肠道功能状态有影响。在大多数西方国家，正常的排便次数范围从每周2～3次到每天2～3次不等。排便频率、粪便性状或粪便量的改变，或粪便中有血、粘液、脓液或过多的脂肪物质则提示可能是疾病所致。
便秘是一种病理状态，病人感觉排便时不适感或排便次数减少。便秘的病人排出干燥硬结的粪便，且难以解出，还可能有总是不能把便排完的感觉。急性便秘突然而明显地起病，而慢性便秘则不知不觉起病并持续数月或数年。
急性便秘的常见原因是最近的饮食改变或身体活动减少，如患病卧床一两天。许多药物，如氢氧化铝（非处方用药）、铋剂、铁剂、抗胆碱能药物、抗高血压药物、麻醉药和许多镇静安眠药，都能引起便秘。偶尔，急性便秘也可由于严重疾病引起，如大肠肠梗阻、大肠供血障碍、神经或脊髓损伤。
慢性便秘的常见原因是身体活动太少或食物中纤维素太少。其他原因包括甲状腺功能低下、高钙血症和帕金森病。大肠收缩减少和排便时不适感也会导致慢性便秘。精神因素也是急性和慢性便秘的常见原因。
腹泻是粪便量增加、粪便呈稀水样，或排便次数增加。
由明显临床问题引起的腹泻通常有粪便量增多，典型者粪便量多于每天450g。进食大量蔬菜纤维素的人可能排便量较多，但其粪便为成形便，不会是稀水样。正常粪便60%～90%是水。当含水量大于90%时，就会导致腹泻。
渗透性腹泻发生在当有某些物质不能被吸收入血而大量存在于肠腔内时。这些物质使过量的水分滞留于粪便之中，引起腹泻。某些食物（如某些水果和豆类）、山梨醇和甘露醇（用于减肥食品、糖果和口香糖中糖的替代品）都能引起渗透性腹泻。乳糖酶缺乏也会引起渗透性腹泻。乳糖酶是存在于正常小肠中的酶，能使奶中的糖（乳糖）转变为葡萄糖和半乳糖，然后被吸收入血液。当乳糖酶缺乏的病人饮用奶或进食奶制品后，乳糖就不能被转化。当乳糖在肠腔内聚积后就会引起渗透性腹泻。渗透性腹泻的严重性取决于进食了多少渗透性物质，当病人停止进食或饮用这些物质后，腹泻很快就会停止。
分泌性腹泻是当小肠和大肠分泌盐（尤其是氯化钠）和水进入粪便时发生的腹泻。某些毒素，如霍乱细菌感染产生的毒素和其他感染性腹泻时产生的那些毒素，能引起这种分泌。腹泻可以非常严重，如霍乱患者每小时排便量1L以上。其他能引起盐和水分泌的物质包括某些泻药，如蓖麻油和胆酸（当手术切除部分小肠后就可发生这种情况，即肠中胆酸增加）。某些罕见肿瘤，如类癌、胃泌素瘤和一种分泌血管活性肠肽的胰腺瘤，也能引起分泌性腹泻。
消化吸收不良综合征也能引起腹泻。此病患者不能正常地消化食物。在普遍吸收不良的病人，因吸收不良而留在大肠内的脂肪可引起分泌性腹泻，留下的碳水化合物可引起渗透性腹泻。引起消化吸收不良综合征的疾病有非热带口炎性腹泻、胰腺功能不良、肠部分切除术后、大肠供血不足、小肠某些酶缺乏和肝脏疾病。
大便失禁是指病人对排便失去控制的疾病。
大便失禁可见于腹泻发作或粪便硬结嵌顿于直肠（粪便嵌塞）期间。有肛门或脊髓损伤、直肠脱垂、老年性痴呆、糖尿病神经损伤、肛门肿瘤或妇女生产时盆底组织损伤，都能造成病人持久的大便失禁。
医生要检查病人，以发现有无可引起大便失禁的任何结构异常和神经系统异常，包括检查肛门和直肠，以及检查肛门的感觉是否正常。通常要作乙状结肠镜检查。有时还要作其他检查，包括支配盆腔的神经肌肉功能的检查。
治疗大便失禁的第一步是尽量建立起排便的正常规律，排出成形粪便。改变饮食，包括在食物中添加少量纤维素。如果这样改变饮食无效，使用减慢肠运动的药物，如易蒙停可能有效。
肛门肌肉（括约肌）的练习能增加其张力和收缩力，有助于防止大便失禁的复发。进行生物反馈治疗，病人可再训练肛门括约肌，并增加直肠对粪便的敏感性。大约70%主观上努力配合治疗的病人会通过生物反馈治疗获得一定的疗效。
如果大便失禁持续存在，外科手术可能对其中一小部分人有效。例如，对那些大便失禁病因是肛门损伤或肛门解剖结构缺陷者，手术治疗能收到一定效果。若一切均告失败，作为最后手段，可作结肠切除术，缝合肛门，病人则从腹壁上的开口排便，将粪便排入一个可调换的塑料袋内。
肠易激综合征是一种全肠道的动力异常性疾病，出现腹痛、便秘或腹泻。
此病女性多于男性3倍。在肠易激综合征患者，其肠道对许多刺激特别敏感，紧张、饮食、药物、激素或轻微的刺激和炎症可引起胃肠道异常收缩。引起抑郁和焦虑的情绪紧张和心理常常加重肠易激综合征的发作。患此病的一些病人对他们自身的症状显得极其关注，把自己的病情评价过重，比其他人失去了更多的生活和工作能力。其他有类似情绪紧张和心理冲突的病人则表现为较轻的胃肠道症状或对其症状给予较少的关注和具有较好的生活工作能力。
在疾病发作期间，胃肠道收缩更有力、更频繁，使食物在小肠的通过时间缩短，常常引起腹泻。腹痛是由于大肠的强力收缩和大肠疼痛感受器敏感性增加所致。症状总是在病人清醒时发作，极少有症状使病人从睡觉中醒来的情况。
在一些病人中，引起症状出现和加重的原因可能是高热量或高脂肪膳食。在另一些病人，麸面食品、奶制品、咖啡、茶或柑橘类水果可能是加重症状的原因。但是这些食物是否是真正原因还未完全弄清楚。
胃肠胀气是胃肠道内气体增多的感觉。
胃肠道内的气体是随吞咽食物时咽下的空气。咽下小量的空气是正常的，但有些人，尤其是在他们感到焦虑时，下意识地咽下了大量空气。大量咽下的空气会在以后被嗳气出来，所以仅有少量空气经胃进入胃肠道。咽下大量的空气使病人感到腹部饱胀，可过多地嗳气，或从肛门排气（放屁）。
胃肠道内的其他气体由胃肠道系统本身的几方面因素造成。肠道内细菌代谢分解食物，尤其是在进食了豆类食品和白菜之后，会产生氢气、甲烷和二氧化碳。在有酶缺乏症的病人，其胃肠道不能分解消化某些糖，而当他们进食含有这些糖的食物后，会在胃肠道内产生大量气体。乳糖酶缺乏症、热带口炎性肠炎、胰腺功能不足，都可以引起肠道内气体的大量产生。身体排出气体的方式有几种，嗳气经口腔排出，经胃肠壁吸收进入血液再通过肺呼出体外，以及通过肛门排出体外。胃肠道内的细菌也会分解代谢掉一些气体。
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