中药的来源主要是植物，其次是动物、矿物等。它的命名，都有一定意义。其中以入药部分命名的最为广泛，例如橘皮、桑叶、杏仁、虎骨、犀角、鳖甲等。有些则是根据其形态而命名的，如冬虫夏草等，冬虫夏草菌寄生于鳞翅类昆虫幼虫中，冬季像虫，夏季像草；乌头，很像乌鸦的头；钩藤，有弯曲的钩。有的药物气味特殊，如茴香、麝香之香，甘草之甘，苦参之苦，细辛细弱之辛辣味，便以其气味命名。还有些药物因其性能而命名，如决明子能明目，益母草能治疗妇科疾病。有些药物是因颜色命名的，如红花、玄参、黄连、绿矾、朱砂、白芨等。有些药物因生长特性而命名，合欢的叶子夜间闭合，白天舒开；忍冬经冬不凋；半夏的根于仲夏成熟。有些则是以最先发现的人名来命名的，如徐长卿、杜仲等。一些由外国或少数民族地区引入的药物，有的以译音为名，如曼陀罗、茉莉，有的加上“胡”或“番”字样，如胡椒、番泻叶、番木鳖等。也有因产地而命名的，如常山、巴豆等。药物很讲究“道地货”，药名前冠以产地名的也不少，如橘皮以广东新会产的为好，处方中常写“新会皮”；贝母产于四川者称“川贝母，产于浙江者称“浙贝母”。
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